在反抗军预定对发起总攻的前一天晚上，约翰·康纳的基地中一片大乱，枪声与爆炸声持续了好久，探照灯全部打开，所有的武装人员全部出动，正在全力搜捕逃脱的马库斯！
马库斯他们前往旧金山的途中，遭遇了的袭击，当时约翰·康纳察觉到那里的活动频繁，立刻出动了两架A10攻击机前去救援。
然而，卡尔·瑞斯和其他人还是被抓上的运输机带走，而两架A10攻击机则被猎杀者机器人击毁，其中一名飞行员在飞机被击毁的时候死在飞机的爆炸中，而另一女飞行员布莱尔·威廉姆斯成功跳伞，并随后遇到了马库斯。
马库斯为了寻求约翰·康纳的帮助，决定和布莱尔前往他们的基地，然而，在进入基地的雷区的时候，却被磁感应地雷击中。
也就是在随后将他救治的时候，基地的人发现马库斯的身体其实已经绝大部分被改造成机器的事实，便认为是派来杀约翰·康纳的终结者，于是将马库斯囚禁了起来。
只不过，因为一起来基地的途中发生的一些列事情，布莱尔愿意相信马库斯是无辜的，相信他是人类，便帮助马库斯逃离基地。
逃离的途中，布莱尔受伤而无法离开，深知约翰·康纳他们不会伤害自己的布莱尔让马库斯独自逃走。
而现在，约翰·康纳所乘坐的直升机在追击马库斯的时候，因为太靠近水面而被水下机器人袭击，直升机也在攻击中坠毁在了河水中，直升机上的其他成员被密布在各个河道中的水蛭形状的水下机器人杀死，只剩下约翰·康纳自己站在持续下沉的直升机上的犹在坚持。
约翰·康纳感受着直升机的下沉，而自己的周围明显能够看到水下机器人游动水纹正在朝着这里靠近，他马上意识到，留在这里就只能死路一条！
虽然现在进入水中是一件非常危险的选择，但是约翰·康纳现在必须离开下水，最快速度前往几米外的河岸，只有岸上才是安全的！
在直升机没入水中的下一刻，约翰·康纳迅速跳入水中，这个动作让那些水下机器人如同嗅到血腥味的鲨鱼一样快速朝着这里游了过来！
约翰·康纳后退着使用突击步枪朝着那些水下机器人射击，且战且退。然而，就在只剩下最后一个水下机器人的时候，突击步枪却被打空了子弹。
约翰·康纳根本就换弹匣的时间，立刻扔开突击步枪，拔出手枪瞄准着已经来到近前的水下机器人！
水下机器人猛然跃出水面扑向约翰·康纳，约翰·康纳还没有来得及开枪，一直被他们追杀的马库斯却大吼一声从水中冲了出来，一把抓住袭击约翰·康纳的水下机器人。
水下机器人并没有攻击马库斯，只是在不停的扭动着试图从马库斯手中挣脱出来继续攻击约翰·康纳。
约翰·康纳趁机退到岸上，看到马库斯拖着水下机器人上岸之后，立刻开枪击毁了水下机器人，接着就把手枪指向救了他一命的马库斯！
“连它们都知道你是自己人！”
“够了！”马库斯愤怒的低吼道，他看着用枪指着自己的约翰·康纳，最近发生的一系列事情已经让他积累了一肚子的怒火，“你那把枪对我一点用也没有！”
“那是因为没有人朝着你的心脏开枪！”约翰·康纳丝毫不让的对马库斯吼道，说罢就想要扣动扳机。
“卡尔·瑞斯！”
这个名字让约翰·康纳试图开枪的动作停止，马库斯继续说道：“他就在，如果你开枪，他就死定了，我可以带你进去。”
“怎么做？”约翰·康纳依然没有放松对马库斯的警惕，但是对方的解释明显让他的态度发生了转变，卡尔·瑞斯，这几乎就是他的软肋。
马库斯走近约翰·康纳，呼吸深重，道：“你看我。”
因为之前的追击，马库斯体表的皮肤已经出现了大片大片的破损，也露出了隐藏在下面的身体，暴露出身体由金属机械构成的本质。他的这个样子，看起来和隶属于的那些终结者没有多少区别。
约翰·康纳明白了他的意思，马库斯的这幅身体，可以让他顺利的混入之中。然而，约翰·康纳却是沉声道：“这就是我为什么不相信你。”
马库斯看着约翰·康纳，说道：“我是你唯一的希望，我要去找把我变成这幅模样的人，你也是！”
远处传来了呼叫约翰·康纳的声音，这里的两个人都知道该做出决定了。
“你带我进去，告诉我卡尔·瑞斯的位置，可以吗！？”约翰·康纳问道。
马库斯点点头，“可以。”
约翰·康纳手中的手枪依然在戒备的指着马库斯，从来都没有离开过他的心脏方向，左手摸出一台通讯设备扔给马库斯，道：“用这个和我联系，让我知道他还活着。”
马库斯把通讯器设备收起来，双手微微举起着一步步退回水中。
“你到底是人还是机器！？”约翰·康纳看着退去的马库斯，站在岸边忽然对他低吼道。
马库斯迷茫的摇了摇头，“我不知道。”
第二天，也就是反抗军预定对发起总攻的这一天，约翰·康纳独自离开基地，指挥官没有允许他先将卡尔·瑞斯先从旧金山基地救出的提议，并不准备因为这一个人而改变整个战略。在指挥官看来，相对于整个人类关键一战来说，一个卡尔·瑞斯，真的太过渺小了。
至于预言，指挥官从来对救世主之类的语言嗤之以鼻，他更相信自己真实看到的东西。
约翰·康纳现在要独自前往旧金山基地，他现在只能希望马库斯值得信任。
当天晚上，在约翰·康纳将要到达基地的时候，马库斯终于赶到了的核心基地外围，
北面的炮台在马库斯靠近的时候就马上发现了他，随后便认可了马库斯同类的身份，让马库斯畅通无阻地进入的核心基地之中！
在距离基地北面不到一公里距离的地方，是一座垮塌了大半的大楼，而叶千狐安静地站在二楼的一个窗口后面，手中拿着望远镜，看着马库斯的身影消失在那外围那好似城墙一样的地方。
“马库斯已经进去了，即将吞下我们给他准备的病毒，红后，准备好了吗？”叶千狐轻声问道。
耳机中，红后的声音满是自信，“当然！”
