其实这段剧情把纲手写的太弱了点，这还没到晕血的时候，堂堂三忍，有些颜面扫地。好在纲手凭借恢复能力缓了过来，给了兜一击，并打乱了他的神经系统。此时兜的身体不受控制，想要动右手，却发现动的是左脚，纲手则趁这个间隙为自己疗伤。但兜绝顶聪明，既然神经系统错乱了，那么就适应新的系统，短短数秒，他就掌握控制身体的规律。纲手显然没想到对方能这么快适应，危急关头，自来也和鸣人登场，挡在了纲手面前。
兜感到不妙，他可不敢同时对付三忍中的两位，于是他帮大蛇丸结印，通灵出了两条大蛇助阵，也多亏自来也被纲手下药，还无法顺利凝聚查克拉，被大蛇缠住。而纲手这边，兜利用她晕血的弱点让她失去了战斗力，现在兜的对手，就只有鸣人和纲手的随从静音了。
静音的实力不错，善于用毒，但仍不是兜的对手。兜又是熟练的一掌袭胸，接着用土遁从地底钻出，抓住了静音的脚踝，你…在检查人家的身体嘛？？静音无法招架，剩下的只有鸣人了。兜在中忍考试中知道鸣人的实力，本不把他放在眼里，没想到短短数月，这个少年已经在自来也的教导下咸鱼翻身了。鸣人徒手抓住兜的苦无，突然使出螺旋丸，把兜打了个措手不及。这是一颗值得纪念的丸子，这是鸣人第一次成功搓出螺旋丸，兜荣幸的成为了第一位体验用户。
看到兜被螺旋丸结结实实的命中，本以为是非死即伤，没想到兜只是被击退数十米，甚至没有倒下。原来在被螺旋丸击中前的瞬间，他就对受击部位施加了医疗忍术，当螺旋丸结束的时候，他的伤已经治愈的差不多了，从这个方面来看，只要不是瞬间致命的攻击，对于兜来说都没有太大效果。不过轮番作战，兜早已耗费了大量查克拉，这次为了抗住螺旋丸，他的查克拉终于见底，踉跄间还是倒下了。
在刚才的交手中，兜已经用查克拉手术刀切断了鸣人的心肌，不过纲手的医疗忍术加上九尾的力量最终救回了鸣人。纲手曾因为弟弟和恋人的死，对鲜血患上了恐惧，这次她为了守护鸣人，为了以第五代火影之名守护木叶村，终于克服了晕血的弱点。她解开阴封印，使用忍法·创造再生逆转了战局；而自来也也从药效中渐渐恢复，重获战力。大蛇丸和药师兜也意识到了形势严峻，立即撤退。
这一战兜的表现着实不错，一人单挑了纲手、静音、鸣人三人，虽说纲手那时没有用出全力，但看来之前大蛇丸说兜的实力和卡卡西相当，并不是吹的。
大蛇丸此行没有得到纲手的帮助，但他们还有一个方案，就是佐助。只要大蛇丸转生到佐助体内，自然能够重获新生，于是他们派出音忍四人众，让他们立刻把佐助带来。但想带走佐助并不容易，木叶的追兵一路拦截，音忍四人众的行动几乎就要失败。
病重的君麻吕听说后想去帮他们，而兜说：“你的使命已经完成，还是保重身体吧。”但君麻吕坚持要用最后的生命帮大蛇丸夺回佐助，兜只好让他去了。最后佐助来到了大蛇丸面前，还好来迟一步，大蛇丸因为身体崩坏，已经转生到了另一个人身上，而下次转生要间隔三年。
多年来，大蛇丸和兜已将忍界大部分力量收入囊中，现存的各类禁术，甚至是仙术和千手柱间的细胞，他们想要探寻的，只剩宇智波一族的奥秘了。于是他们前往木叶，费尽周折后终于得到了佐助，但大蛇丸也被三代火影的尸鬼封尽所伤，被迫转生到临时找来的容器中，想要夺取佐助的身体，要再等三年。
可在大蛇丸盯上佐助的同时，佐助同样也想夺取大蛇丸的力量，而三年时间，已经足够让他变强。在最后的转生仪式中，大蛇丸败给了佐助的写轮眼。当兜看到大蛇丸被反噬的场景时，他以为大蛇丸就这么死掉了，最初便没有记忆的兜一直渴望一个身份，他曾属于木叶孤儿院，但被最亲的院长遗忘，他曾属于根组织，却又被团藏迫害，跟了大蛇丸后，他觉得自己终于找到了一个靠谱的老大，但现在大蛇丸也死了，他连“大蛇丸的部下”这个身份也失去了。
不过兜很快振作起来，虽然大蛇丸死了，但他的理想，以及多年搜集与研究的成果还在，没有了他，我就自己当老大。于是兜赋予了自己新的身份，继续着未尽的事业，但很可惜，他赋予自己的身份仅仅是“大蛇丸的替代品”。他继承了包括秽土转生在内的大蛇丸流全部科研成果，甚至将他的残骸注入体内，想要成为新的大蛇丸。
自以为找到人生方向的兜，特意拿着这些年来搜集到的晓的情报去感谢鸣人。他对鸣人一直有种特殊的感情，出生便父母双亡的鸣人同样是孤儿，作为人柱力深受排挤，渴望得到村里人的认可。兜将他的身影与自己重合，看到他在中忍考试时，战胜了被称为天才的宁次；三忍之战时，用螺旋丸打倒了自己，以及天地桥上；爆发九尾查克拉对抗大蛇丸。面对强敌，仍然相信自己的力量，兜从他上获得了勇气，才敢于取代自己一直所依附的大蛇丸。
看到兜变成了一个半人半蛇的怪物，还口口声声说这是受到了他的鼓舞，要感谢他，鸣人感到无言以对，好好的人怎么就疯了？他接受了那份晓的情报，然后立刻出手想要抓住兜。兜从容脱身：“等我能完全掌握大蛇丸的力量后，再和你好好战斗一场”。不过兜给鸣人的这份情报最终帮到了他自己，被鸣人他们干掉的晓组织成员，后来成为他秽土转生的重要战力。
大蛇丸的力量没那么好消化，兜的身体很快被侵蚀，而且除了大蛇丸，他还植入了水月、香磷甚至音忍五人众的细胞。将这么多人的力量融入体内无疑是在作死，但药师兜最后全部消化了，这恐怕是因为他获得了拥有强大生命力的白蛇仙人体，这也是兜一跃成为BOSS的原因，他到达了龙地洞。这个在研究重吾的身体时发现的咒印之力源头，与妙木山、湿骨林齐名的仙术传承之地。
此前他们找到龙地洞时，大蛇丸的身体已经不行了，无法承受仙术的力量。或许大蛇丸本想夺取佐助的身体后再来，但他没有这个机会了，于是兜取代他，向白蛇仙人学习了仙术，成为了忍界第一位能够开启白蛇仙人模式的人。从龙地洞出来后，药师兜膨胀了，他突然意识到自己不止可以成为大蛇丸，甚至可以成为任何人，只要拥有绝对的力量，便可将世界收入囊中，到那时，“身份”、“自我”也只是无关紧要的问题。但他发现，这段时间忍界已经大变，一位自称宇智波斑的面具男率先向五大忍村宣战，而他的首要目标佐助竟然投靠了这个人。
虽然兜拥有了仙术，但他还是没有把握从传说中的斑手上抢人，因此他通过自己掌握的情报和黑绝的指引，找到了忍界史上大部分强者的遗体，将他们全部通过秽土转生召唤了出来。在这个过程中，他也知道了那个面具男并不是宇智波斑，因为真正的斑被他找到了。此时的兜手握忍界最强的一支军队，有恃无恐的来了面具男面前。
面具男，也就是打着宇智波斑旗号的带土，起初并没有把这个曾是蝎的部下的人放在眼里。兜刚开始客套：“我曾经也是晓的一员…”带土就不屑的说：“你只是个叛徒”，便对他出手了。而兜使出秽土转生，一口气招出了五名晓组织成员，带土大吃一惊，竟然连长门和鼬都在其中，他不得不正视眼前这位叫做兜的人。
带土问他：“你有什么目的？”兜回答：“我只是想跟你联手，你就要开战了吧，我能为你提供战力。”带土微微眯眼：“那你想要什么报酬？”兜：“宇智波佐助。”
带土思忖片刻，他知道如果将佐助交给这个人会发生不得了的事情。带土：“如果我拒绝呢？”他已经做好了战斗的准备即使一人对抗晓组织全员，他仍有把握。而兜微微一笑，再次招出了一具秽土转生。
棺材板揭开，带土大惊失色：“这是…”。“你无法拒绝！”，兜自信的说着。因为这具棺材里的，是仅有的能让带土低头的人，真正的宇智波斑。
带土故作镇定，干笑了两声：“药师兜，没想到你是这样的人才。好吧，我跟你联手，不过要等战争有了结果，我才能交出佐助。”
于是他们二人达成了同盟，但他们其实各怀心思，兜想借助带土的力量，趁机将世界收入囊中，到时候佐助只是额外的战利品；而带土连斑都敢背叛，一旦获得战争胜利，拥有了十尾的力量，他才不会在乎和兜的约定。但在此之前，他们利益一致。
带土手下拥有十万白绝大军，虽说只是十万炮灰，但他自身的实力极强，而且已经有了七只尾兽；药师兜虽然自身的实力没有那么强，但手中的秽土转生光是影级实力的便多达数十位，忍刀七人众这种级别的更是数不胜数，更重要的是还有宇智波斑这个BUG。他们仅仅二人对抗整个忍界，但怎么看都是他们胜券在握，只要不发生太大意外。
但很快，第一个意外，也是引发之后所有意外的意外发生了，在兜控制鼬和长门去抓鸣人和奇拉比时，秽土转生的鼬，摆脱了兜的控制。他通过生前在鸣人体内埋下的止水的写轮眼，对自己施加了最强幻术别天神，强行覆盖了秽土转生。兜赶紧全力控制长门，想要干掉这个威胁，并夺取止水的眼睛，但以一敌三，加上兜操作不佳，长门被鼬的十拳剑封印。于是兜给自己创造了一个大敌，一个没有身体负担、没有查克拉与瞳力限制，绝顶聪明的鼬。
鼬通过秽土转生的查克拉链接，逆向感应到了他的藏身之处，正疾速赶来，在路上还与刚刚开启永恒万花筒的佐助汇合，他们兄弟俩几乎等于了目前忍者联军一半的战力。而兜此时孤身一人，秽土转生大军在外，斑正在陪五影玩耍，但他一点也不怕。
看到鼬后，兜“善意”的提醒他：“秽土转生只能由术者主动解除，一旦我死了，便再也无法停止。“如此一来，鼬便不能杀他。
虽然兜知道鼬有强力的幻术月读，但在白蛇仙人模式下，他可以彻底切断视觉，只靠热感行动，加上从香磷那得到的恢复力、从水月那得到的液化能力，以及永恒生命力的白蛇仙人体，一切非致命的伤害他都可以无视。既不能杀他，又无法伤他，幻术也无效，这么看来，兜面对鼬和佐助，还没开打便已立于不败之地，按兜的话来说：“我完全想不到自己该怎么输。”
兜确实想不到，因为即使在他的情报里，也没有记载宇智波家族中有一招不靠视觉施加的幻术，以失去光明为代价发动的禁术，伊邪那美。鼬正是兜的天敌，按他的话来说：“秽土转生唯一的弱点，就是我。”
开战前，兜试图拉拢佐助，他在龙地洞中待了一百多集，不清楚这段时间的剧情，以为他还是当年那个吵着要向鼬复仇的孩子。但佐助早已与鼬和好，现在的他是头号鼬粉，又岂会受到挑拨？兜只好正面应敌。
他本以为现在的他能轻松拿下佐助，但没想到获得外挂的人不只有他，佐助已经开启了永恒万花筒，实力直逼鼬，对方二人同时开启须佐能乎，让他无从下手。看来要先解决一个，兜使用了仙法·白激之术。
手机站:
