孔雀公主思凡下界，在华清池洗澡，被晋武帝看到。色欲熏心的晋武帝居然命手下大将，射下孔雀公主。惊慌失措的孔雀公主，中箭跌落山谷，被进山采药的神医葛平所救，才得以逃回天庭。孔雀公主逃回天庭后，为报一箭之仇，私闯天庭神兵库，盗走了斩天剑。来到皇宫云端的孔雀公主，本想一剑劈死晋武帝，却不料守护在宫殿门前的两只石雕的麒麟兽惊觉醒来，冲上九霄，击退了前来寻仇的孔雀公主。
与此同时，天庭也发现了这一切。玉帝搬下御旨，将孔雀公主打入了天牢，幸得王母娘娘和众仙求情才得以重获自由。玉帝恐孔雀公主再次生事，虽给她一职务——掌管彩虹。然而，孔雀公主一心想报一箭之仇，用自己的魅惑之术灌醉值日官，撺掇龙王之子转世投胎，前前后后一共有十六个龙太子下界，成为人皇，借以祸乱晋武帝的铁桶江山。孔雀公主为了能尽快败完晋朝的江山，还搬下孔雀令，暗中排又黑又丑的乌鸦精潜入人间，成了晋室皇子司马衷的王妃。
另一方面，救了孔雀公主的神医葛平遭到朝廷的迫害，皇帝下令凌迟神医葛平并株连了他的九族。为了报恩，孔雀公主四处寻找神医的后人。终于在一个晋朝平定胡人的战场上，找到了恩人葛平的遗孤——年纪轻轻就驰骋杀场、满身血污的葛洪。为报恩，孔雀公主将葛洪带到了圣母峰附近的灵源仙根处，想让他一步登天、修得仙体、位列仙班。不料这孩子，天性纯良，三次失去仙机，逼得孔雀公主设计把他安置在了仇人马隆的身旁——拜肉眼凡胎的马隆为师一步步从儒家、道家和墨家的学问学起。
因孔雀公主处心积虑的报复，晋朝八个王爷在乌鸦精贾南风的挑拨下互相攻伐，司马氏建立的铁桶一般的江山历二世而危，致使百姓陷入了水深火热的战争之中。一时之间众生如蝼蚁、草芥一般低贱，生死全掌握在弄权者的鼓掌之间。葛洪从这纷争和战火之中逐渐看破生死，超脱轮回，开启了自己另类的挑战皇权和神权的修仙颠覆之路。
