由科特队的井上作战参谋为首，所带领的技术团队将不久前被破坏的电子巨人残骸再次回收重组，借以“人造奥特曼”之名来取代奥特曼/吉田进在地球上的活跃。小进被井上所带领的一众队员强行进行实验从而跟奥特曼强行分离，其后在自己不知道的情况下发挥了超能力而逃脱了井上所设置的监护室.....
现在，距离科特队基地大约5公里以外的平原上，怪兽哥莫拉、安东拉还有被重组而来的人造奥特曼都出现在这里了。哥莫拉和安东拉这两大怪兽一碰面，马上便厮打起来！双方互不相让，安东拉利用自己的巨大钳子掐住哥莫拉的脖子，同时间，哥莫拉抡起它那厚重的拳头重重打击了安东拉的下颚。
井上重组的人造奥特曼，就这样投入了实战上。他外观如同真正的奥特曼那样，并且在胸口计时器的内部设置了强行获取而来的奥特曼之光，如此一来让这个人造奥特曼犹如得到新的生命一样在活动了。
那个是......”进行着陆地作战的早川，对于这个刚重组完成的人造奥特曼突然出动感到十分惊讶。他皱了下眉头似乎感觉到有些不妥。
驾驶着战车的东乡，以及车上的其他队员们都顺着早川的声音，看着那个一步一步走向两大怪兽的人造奥特曼。
东乡摇了下头不解地说：队长，那个不就是奥特曼嘛，我们总算有救了！
在后排座椅上的留美队员仔细看着人造奥特曼的一举一动，她发现这个奥特曼举止非同寻常的冷静，只看到奥特曼很镇定地靠近两大怪兽旁边，举起右手借以一记凌厉的劈击快速打中哥莫拉右边的犄角，可是这犄角却非常的坚硬，如此凌厉的劈击也没能马上将其劈开。随后，人造奥特曼再转身冲着安东拉快速使出回旋踢，被踹开的安东拉猛然倒地了。
队长，那个奥特曼不是我们所熟悉的奥特曼。”细心的留美队员似乎在这些动作上发现了猫腻。
嗯......那个是井上那家伙搞出来的玩意儿。”早川略有所思地说道。
本来打算默不作声的荒木，还是忍不住开口问了：队长你知道那个是什么吧？”
早川思考了片刻，凝重的表情上带出一句话：那个人造奥特曼，本身是英治先生设计开发的电子人。井上那家伙不知道什么时候回收了电子人的残骸继续设计重组........”
荒木刚听着，激动得马上拿起小型冲击炮准备在车窗上攻击：那我们就不用多想了，怪兽和人造奥特曼都是我们的敌人！
早川赶紧劝说着荒木：等下~为什么你会这样肯定怪兽和人造的奥特曼都是敌人呢？这次的怪兽因何而来，我们都没搞清楚。”
早川把话说完，马上下达作战命令，试图先行的短暂攻击让怪兽暂停下来。但是，人造奥特曼似乎无视了早川他们对怪兽们的连环攻击，直接走到倒地的安东拉旁边，一手揪起了安东拉的犄角，一拳又一拳狠狠重击在它的头上。他甚至还一个回头向着另一边的哥莫拉发射出光弹。两大怪兽突然被这人造奥特曼的暴击，折磨得非寻常的痛苦......
然而就在这个战斗地方的附近大楼顶上，小进自己一个人安静地看着这一切。此时小进合上了眼睛，某个地方向着他脑海中传来了一个接一个画面：那个画面是一个夕阳之下的古代遗迹，周围遍地都是丛林而且非常昏暗，画面中的小进正站在一个悬崖上，正面看着那座遗迹。
在一瞬间，遗迹外面的火把突然燃烧了起来，进入遗迹的通道被这些一个接连一个的火光变得光亮了。在那悬崖的小进似乎听到有什么人的声音在呼唤着他，他匆忙从悬崖上方跑了下去，朝着那片阴暗的丛林赶了过去.......
小进一边跑着，汗水不断染湿了他的衣服，并且喘着气自言自语：是谁在叫我？我究竟要去哪儿？到底要想把我怎么样？
在丛林里，他不停步伐拼命地跑。在这丛林的某处突然一群黑色的乌鸦快速地冲着他面前过去了！突然，脑海的画面被打断了。小进依旧站在这个楼顶上，太阳光之下更显得他那身形更加纤瘦。他睁开了眼睛，眼睛看着那个人造的奥特曼在不停殴打两只怪兽。正当小进开始有所行动的时候，忽然间察觉到背后有人在看着他......小进立刻转过身一看，戴着墨镜的女子俨然已经站在他身后了。
你....什么时候在这里？”小进瞪大了眼睛，一惊一乍说着。
那个墨镜女子非常安定地说：终于找到你了，奥特曼先生~~~真的的吓人了呢，在你的身上竟然有这样的力量可以让你逃出来。
你这话到底什么意思？！你跟那个井上的家伙是一伙的吧？。”小进看着墨镜女子很气愤地问道。
井上？哼~~那人只是一味地追求所谓的力量罢了，我帮他把你抓回去，只是因为想知道你这人为什么能跟奥特曼一体化而已。”墨镜的子女似乎很理所当然地说。
这次的实验，我终于知道我爹这么多年来到底是在什么样的地方工作了。发现了外星人就得马上进行实验，而且不允许外来的生物存在.......”小进的脸色冒出了冷汗，在实验室里面的事情历历在目。
墨镜女子走路非常轻盈，三两下便走到小进的面前：对，就是如此！这就是现在的科学特搜队。你的父亲当时做的研究可是轰动一时，但是他完全没注意到过于强大的技术力量会带来了什么。”
墨镜女子说着说着，干脆将手臂搭在小进的肩膀上，她那冷艳的瓜子脸靠近小进的脸庞：想以强大的技术力量去制服别人，反倒引来更强的对手，这是不变的真理啊，孩子！”
小进斜着眼看着旁边的墨镜女子，怒气之中带着惊恐地问：你.......我老爹的事情，你怎么知道？
哈哈哈哈哈哈，你那糟老爹的事情，在很早之前就知道了。那些人不让这个事实公开，故意将这些东西个埋藏起来罢了。”墨镜女子一声冷笑说道。
在那个年代，有不少人对你爹的研究技术都心怀鬼胎。但是你爹一点都不知道，越是强大的力量反而越会招来更强的对手！这是宇宙不变的真理....孩子~~”女子继续说道。
随即，女子揪住了小进的衣领狠狠揍了一顿。在另一边，人造奥特曼竟然随手拿起了一棵壮大的树，朝着哥莫拉的身上使劲儿抽了过去，并且按住哥莫拉的脖子借用手肘的力量不断使出撞击.......安东拉在人造奥特曼的背后，使用它那巨大的钳子放出强烈的电磁波，把人造奥特曼给吸引了过去。可是，人造奥特曼却顺着势一手抓住安东拉的其中一只钳子，借着全身的怪力从肩膀上猛烈摔了出去。
被一下弄翻在地上的安东拉还没来得及翻动身子，那个人造奥特曼已经一脚将它猛踢了起来！被踢飞的安东拉一下就将另一处的哥莫拉一同撞倒。此时早川已经没法忍受如此疯狂战斗的人造奥特曼，命令所有队员以强镭射光束阻止他的行动。无视攻击的人造奥特曼，状态好像抓狂那般从脚边一手捞起一辆停放的汽车，像扔石子那般砸了过去.........东乡的精湛驾驶技术，让战车暂时地躲开了这汽车的飞来。队员们在早川的指挥下，继续对怪兽以及人造奥特曼都进行攻击。
回头看过去那座大楼上，小进和墨镜女子依然互相拳来交往地争执了起来。只看到女子身手灵活地锁住了小进的双手，被控制下来的小进显得非常的疼痛，一下子单脚跪了下去。
小进很不容易地从嘴里说出一句半句话：或许我那老爹确实错了，可是我不能再让这些错误牵连到无辜的人。所以我要阻止这场悲剧！
女子依然很安定地说：呵？知道你刚才看到的那片景象是什么吗？那个是我们的神曾经存在过的地方。你能看到那个地方，是因为前不久的实验，奥特曼跟你强行分离的时候在你的身上留下了一些力量而已。总而言之你是不能接触那个地方！
女子随后放开小进，随即一脚朝着他的腹部踹了过去：那愚蠢的奥特曼，在你这个没用的人身上竟然留了力量......人类不趁着现在被自己的力量给毁灭掉的话，那么在不久的将来就会影响到宇宙的每一个角落！
小进捂住自己的身子，顽强挺了起来：啊.....啊......不管如何，这些事情我都要制止。
就凭你？！”女子刚说完，随手一挥便再次将那道看不见的光弹冲着小进打了过去。
小进的眼里似乎看到了些什么，他在瞬间的反应之下，双手在自己面前摆出一道屏障将光弹挡了回去。被反射的光弹一下把女子脸上的墨镜给打掉了。女子那严重退化的双眼，在强烈的日光照射下显得非常的剧痛。于是，女子一下子就跪倒在地上，迷迷糊糊的样子在地上找那副墨镜。无意中，一个看起来跟马克笔大小的灰白色胶囊物体，在女子的衣服中翻滚了出来，小进见机马上把这东西捡起来了。
这个是.....”小进一边手里拿着这个胶囊样子的东西摆弄着一边说。
女子捂住双眼，略有点颤抖地跪坐在地上回答：那个是.....神给予我们的东西，贝塔胶囊。
小进拿着这个东西，嘴角边带出一点浅笑：哦？？我有了这个东西的话，说不定就能看到你们的神吧
女子继续说道：即便是这样贪婪又渴望强大的人类，你也继续为他们伸出援手？
这可说不准呢！我是个非常普通的人，没了奥特曼的光，我只是个慵懒又没有特别作为的人罢了。”小进有点颓废的语气回答道。
但是自从跟奥特曼相遇之后，我觉得....再普通的人也有他自己一所悬命的事情。”小进回头仰望这片天空，笑了下说道。
女子听了这番话便低下了头，长发一下遮住她的脸：就凭你这样的小毛孩是不能做到的。还不如乖乖看着人类被自己的力量给毁掉吧。不趁着现在的话，在不久的将来，人类的丑恶会延伸到宇宙的每一个角落！
女子的话语刚说罢，另一方人造奥特曼疯狂打击两大怪兽的光刀不慎擦过了小进他们所在的大楼上方。大楼随即发生强烈的震动。小进赶紧一边从地上拿起墨镜顺带抓住女子，一口气跑到楼梯通道间。
小进在楼梯间把墨镜交给了女子，女子静静戴上墨镜之后非常疑惑地问：为什么你不讨厌我？为什么我们打完一架之后你还要帮我？
小进笑了笑：我只不过想做我应该做的事情而已......
小进的话还没说完，大楼的又再次出现强烈的晃动。女子眼看头上的梁柱要往自己身上砸下来，马上一手将小进推了出去.......
女子一下被坍塌的瓦砾压住了，小进疑惑地回头看了她一下。只看到女子的瓜子脸挂着已经退化了的眼睛：你这是为了什么？你是朋友还是敌人？
呃......不管怎么说，我只是个被丢弃的地球人罢了。请你去完成你那一所悬命的事情吧！”女子被压得动弹不得，挣扎着说道。随后那个女子的身体恢复到本来的面容：没有眼睛、一头散漫的长发披在皱巴巴的脸上，本来跟人一样的手掌也变成像骷髅一样的干瘪爪子。
对的，这就是我本来的样子。活在地下的地底人类......快去吧！奥特曼先生！”这时候，女子已经奄奄一息的样子了。
小进听完这番话，立下决心往楼下继续跑。但是在这大楼的外面，人造奥特曼却一步步靠近了，他为了打击哥莫拉和安东拉，准备要抡起小进他们所在的大楼当作自己的武器那样扔了过去。
早川队长在车上眼看情况不妙，人造奥特曼这些不分敌我的举动早晚会波及到基地。决定打开车尾后半段的盖子，往上伸出的四枚雪白色导弹正朝着人造奥特曼那边发射了出去.....
大楼里面的小进手心紧握着贝塔胶囊急忙地跑着，他的身体渐渐泛出红色的光，贝塔胶囊伴随这些光芒也发生了反应。小进眼看这一幕竟然停下了脚步。很快地，强烈的光芒把小进包围住之后，消失在这个地方上。发射出去的导弹猛烈打中了人造奥特曼的背部，但是毫无受损的人造奥特曼在爆炸中依然拿起大楼疯狂扔了过去.......
被扔飞的那座大楼一下砸中了哥莫拉坚硬无比的头部，瞬即飞散四处的大楼碎片中却没有看到墨镜女子半个身影！人造奥特曼说时迟那时快，一个箭步跑到哥莫拉的身后，双臂在一股巨大的怪力驱使下把哥莫拉长长的尾巴抡起来，突然被悬空的哥莫拉这时候一下子被人造奥特曼抓住尾巴原地旋转了好几圈狠狠砸到另一边的大楼群之中。科特队在没有支援的情况下，依然驾驶着战斗专车顽强奋斗着。
早川看情况不妙，神情相当的严肃紧张：各位队员注意！！为了避免人造奥特曼的失控行为波及我们的基地，准备使用EX光线炮瞄准他的计时器......
留美队员心中有点不安，她皱眉头问：果然队长你是知道这个家伙的事情吧？
紧接着荒木也跟着说：EX光线炮只有一发，可是这东西的杀伤力太大了，说不准会......
在车子前排副驾驶座椅的早川把头扭回去：抱歉！人造奥特曼的事儿，稍后我会给大家说明。EX光线炮的危险度我是知道的，所以这个东西通常是需要上级允许之下才能使用。
早川马上又把头转回去，紧张不安的心情让他说话开始有点颤抖了：恐怕我们等不到真正的奥特曼来了，咱们也不要等上级的指示，马上解除EX光线炮的使用吧！
就在这时候，车内的通信系统突然打开了，里面传来井上的声音......作战中的科特队战车一下急停了下来：没有允许批准下，禁止使用EX光线炮。作为前线队长的你，是应该很清楚地了解的！
早川他们看着那个样子像发了疯一样的人造奥特曼，然后早川利用通信系统回复：那个东西，早晚也会波及到我们的基地。不马上制御他的行为，我们也被受牵连....
通信系统只是听到井上那般冷嘲的声音：呵呵！堂堂科特队的作战参谋会怕？我要用实力告诉那群怪兽，为了守护我们的家园，必须变得更加有力量才行！这种事情交给人造奥特曼处理，他是我们最有效不过的防御。
双方的通信就在这短短的时间内中断了，一下没辙了的科特队队员们只好自己重新定制作战计划了。但是，人造奥特曼却依然发疯的样子，不断对两大怪兽疯狂打击。
另一侧，从大楼中消失的小进，在光的包围之中一下被转移到九朗岳的那座历史遗迹里。眼前的入口通道漆黑一片，除了隐隐约约看到一些长满青苔的老砖石外，什么也没有发现。
这个是，刚才那片景象的地方！”小进神情有点呆滞，似乎好像知道了什么。他手上依然拿着贝塔胶囊，一边张望一边不自觉往通道的里面继续走了。
不一会，贝塔胶囊再一次发出了光。遗迹入口通道两侧那些枯萎已久的火把突然冒出大小不一的火光，一刹那火光便将整个通道照亮了起来！被眼前景象吓到的小进连忙擦了擦自己的眼睛，可是他眼前的一切都是真实地发生了....
紧接着，贝塔胶囊光芒之中射出一道很细小的浅蓝色光束，光束一直往遗迹的深处延伸开来。小进低头看了下胶囊，又看了下那道光线，像是被什么东西吸引着那样继续往前走。
小进沿途看到通道两侧各种各样的古代壁画，其中一个最引人注目就是：一个画得很像奥特曼的画像出现在他眼前！但是小进还没来得及细心查看，浅蓝色的光线似乎有意识的样子继续把小进带到里面去了......
很快，透过那道光线的驱使下，小进步入这座遗迹的深处的一个大神殿。大神殿四周环境在火炬的光衬托下，几十年甚至几千年的岁月痕迹在小进的眼前历历在目！而在小进眼前耸立着的，是大约3米左右的石像，样子跟奥特曼非常神似，石像的一个手臂高举起来，上面放着一颗晶莹剔透的蓝色宝石。这座酷似奥特曼的石像，下面则是用泥石堆砌而成的基座，并且刻满了古代人留下的文字......
难道是，这个石像叫我过来的？！”小进仰头凝望这个石像，并且瞪大了眼睛说道。
看来你是被引导到这个地方了呢！而且对这个石像非常的感兴趣....“”一个戴着墨镜的中年男子在这时候发出了声音，并且从神殿的某个地方突然出现了。他身穿着披风，头上还戴着帽兜，有点苍白的脸庞上却没有半点表情。
小进猛然回头看着这个男子，有点儿吓到了：你是？从什么地方....
墨镜男子摘下头上的帽兜，露出他那稀稀疏疏的头发，嘴角发出了声音：我名字叫西格玛，是地底人一族的后代。刚才跟你接触过的那个女人，是我的妹妹.....露娅！
告诉我，为什么她要做这种事？为什么要跟井上那种家伙做事？”小进向前走了一步，神情很紧张。
只是想见证如今的人类罢了！”西格玛说话的语气显得很冷漠。小进听到这句话，顿时没法继续说下去了。
很久很久的过去，我们地底人一族同样是活在这个地球上的人。可是，那些自称高度文明的人们将我们统统赶走，走投无路下，我们唯有居住在地底下面。这个神殿是我们一族至今唯一留下的证据了！”西格玛说着说着有点小情绪。
西格玛接着说：直到有一天，地面上的文明人和我们地底人要爆发战争。诺亚之神降临后，阻止了这个事情。而我们地底人一族的祖先为了纪念诺亚之神，在这里建立了神殿.......上面那个就是诺亚之神赐给我们的宝石！
为什么，要我知道这些？我被呼唤过来的目的到底是.....”小进顿时冒出了这番话来，西格玛略惊讶看着他。
西格玛吃了一惊：什么？难道你还没觉醒吗？
奥特曼？奥特曼的........一部分在我的身体里？！”小进诧异地问。
西格玛若有所思地说：那个宝石传召你过来的原因，希望能够觉醒真正的你，找回你那迷失了的分身。
小进又再向西格玛问：如果是这样的话，觉醒之后的我和所谓真正的我自己，到底有什么区别？
这个时候，西格玛却会心一笑说了句：并没有区别，觉醒了之后只会成为更加接近真理的人！
西格玛刚说完，转眼间便在小进的眼前消失得无影无踪。看似恍然大悟的小进，在神殿的任何一个角落也找不了他。
人造奥特曼和两大怪兽的打斗已经进入白热化，如同暴走一样的人造奥特曼，运用全身的怪力将安东拉的翅膀给拆了下来，鲜红色的血随即布满地上，而哥莫拉则被人造奥特曼打得犄角都断裂了！科特队的队员，用尽各种各样的办法去阻止这个像发了疯一样的巨人。但是人造奥特曼，依然对这些攻击没有产生作用。
很快，人造奥特曼一个箭步走到哥莫拉的旁白，用双臂死死地锁住哥莫拉的脖子........一眨眼的时间，哥莫拉的脖子竟然被人造奥特曼给扭断了。瞬即倒地的哥莫拉在那些凄惨的呻吟声中死去.....
人造奥特曼似乎没有停止行动的意思，一路追着科特队的车子，一边从他的掌心发出一个接一个的光箭。在科特队基地内部监测着人造奥特曼的工程师们，看着这个失控的人造奥特曼，纷纷从电脑中发出各种不同的指令了。井上和他身边的一些手下不管如何找，始终没法找出小进的下落，于是他们心急败坏地返回了基地内。
刚推开整备班的大门，负责人造奥特曼计划的工程师们都忙得不可开交。井上看到眼前这一景象，连忙赶了过去一看究竟。
报告参谋！人造奥特曼似乎没法执行我们所编集的命令！”一个负责人造奥特曼开发计划的工程师向赶回来的井上说道。
你说什么？！”井上激动得揪起了那个工程师的衣服说着，回头看着监测外界的摄像画面。他所计划的人造奥特曼似乎暴走了那样，不断攻击在前线奋斗中的科特队，而在那地方不远处却躺着两只大怪兽以及它们被人造奥特曼所拆分的身体。
井上不得不向所有工程师发出命令：赶紧发出回收指令！不能让我们开发的奥特曼给毁掉基地。
一分钟过去了，人造奥特曼还没有停止下来，被追赶得快要绝望的科特队队员们。只好把车飞快开进了基地附近的秘密隧道下面才能躲过人造奥特曼的攻击。
整备班的另外几个工程师也陆续给井上报告，人造奥特曼没法接受他们重新编制的指令，而人造奥特曼的行为似乎受到某种干涉而不断在失去控制。
都是一群没有用的家伙！！既然程序不管用的话，就用武力去把他停下来！”被气炸的井上，带着他身边的几个手下又再赶往科特队的备用飞机库里面，使用备用的威托战斗机出发了。
在神殿里面的小进，似乎感受到大地的一丝丝撼动，他马上朝着出口赶了过去。小进一口气跑到神殿旁边的一个小山岗上，被干掉的两大怪兽、还有那个发了疯一样的人造奥特曼的画面进入了他的眼睛里。
忽然，一阵微风吹过小进的身边，小进在那风声里面似乎听到一阵阵悲鸣的声音。
到底是谁发出的悲鸣呢？小进的心里浮现了迷惑，然而他手里的贝塔胶囊却发出了光芒.....随之人造奥特曼的能力核心位置也突然发出了红色的光。躲开人造奥特曼追踪的科特队队员们，在隧道的出入口处看到了这奇怪的一幕。而驾驶着备用飞机赶来现场的井上，看到人造奥特曼核心发出光芒的一幕，更是大大的震惊了。
井上喃喃自语：不可能，被分离出来的光芒，怎么可能还有这么巨大的力量！难道是小进那个小子？！
人造奥特曼的能量核心发出的光芒越来越强烈，在山岗上的小进，他手里的贝塔胶囊也不断发出更亮的光......这个时候，神殿里面的那个蓝色的宝石也奇迹般闪烁出光辉了！
小进此时强烈地感受到，那些悲鸣声音原来是死掉的怪兽所发出来的！
怪兽的悲鸣，透过风声告诉了小进：小进啊~~我们两个是经常闹矛盾的怪兽，但我们都是古代流传下来的地球怪兽。为了保护自己的家园而出现在大地上。如今，不管我们两怎样闹矛盾，即使化作灵魂，也不允许奥特曼的光被丑恶的人类所利用，希望你能够救救这些心灵歪曲的人们..........
乘着这股风声，小进拿着那发光的贝塔胶囊往上举起来了！神殿的宝石发出的光更加夺目，人造奥特曼那能量核心之中，一股强烈的红色光芒脱离了那副机器的身体，并且不断的扩散开来。
透过贝塔胶囊的力量，小进全身化成一道强烈的金光朝着天空飞了出去。在天空中，小进化成的金色光芒冲着那道扩散起来的红色光芒过去了！两股光芒瞬间在这片天空中融为一体并形成一个巨大的光柱。
在这金红色的光柱中，逐渐呈现出一个巨大的身姿........奥特曼，这个一度消失的光之巨人再次出现在他们的眼前了！
奥特曼双手紧握拳头的样子，耸立在人造奥特曼的前方。井上、还有科特队的所有成员都被这下景象大为惊叹。复活的奥特曼，其形象跟之前有着明显的变化：不完全的脸部变得修长而圆滑，瘦弱的身形也变得矫健壮实起来。变得更有力的眼神，直勾勾看着那个尖脸而眼神无光的人造奥特曼。相比之下，人造奥特曼的肌肉虽然非常的发达，却没有奥特曼身体那种自然而生的光泽，并且能源核心已经失去亮丽的光辉；奥特曼一步步稳健地走着过去，那个人造的奥特曼也一步步走上前面，步伐中却发出一丝颤抖了！！
果然，你这小子还是出现了啊！”井上的脸色非常的震怒，他咬牙切齿的说。
在悲鸣的风中，人造奥特曼的面前出现了复活过来的奥特曼。人造奥特曼飞快的一脚朝着奥特曼那边踹了过去，奥特曼回避了下身子，一下劈击冲着人造奥特曼的脸部打了过去。不能接受这一事实的井上，命令他的手下对着奥特曼准备发动攻击。隧道里面的科特队队员们遇到这种事情是终究不能坐以待毙，他们驾驶着车子重新出击了！三方面不同的矛盾瞬即产生，在神殿跟小进接触的那个西格玛到底身在何方呢？
