第一个成建制逃散的，却是“大清国皇帝”载沣组织的“清国禁卫军”和“旗民义勇队”。这些流亡日本的满清遗民，恐惧于日本投降后遭到清算，踊跃参与了叛乱，可眼看着如此惨烈的屠杀，终于精神崩溃，豕突狼奔，带动了叛乱军的总崩。
日本政府平叛军追亡逐北。
对于这些叛乱者，按照东京的指示，他们给与了最为严酷的惩罚。一切被捕获的俘虏全部处死，人头沿路展示以儆效尤。日本近卫军打着天皇的菊花纹饰，拉着成车的无头尸首，在交通要道垒起京观，竖起牌子，如此“军威”，更震慑得老百姓魂飞魄散。
东京方面的平叛军一路由东而西高歌猛进，所过之处颁布敕令，鼓励国民举报“叛逆”，进行了残酷的清洗，也顺手接收了很多富户的财产以补充国库。在如此“武功”的震慑之下，西国地方的叛乱势力土崩瓦解，纷纷易帜，一场叛乱，冰消雪融的迅速，更不差似兴起之时几分。
载沣为首的满清遗老遗少，这个时候简直成了丧家之犬，四处东躲西藏。最滑头的载振之前一直逗留在大阪“联络外国公使”，听闻战败，死气白咧求爷爷告奶奶要政治避难，怎奈现在实在没哪个国家愿意为了这帮政治破落户招惹来者不善的中华帝国，纷纷以不承认满清政府，而对方缺乏政治避难的合理理由为由，给载振吃了闭门羹。
翁同和虽然七老八十，却一门心思“辅佐圣主”，眼看着已经是最后殊死一搏，跟着载沣就上了前线。看着这修罗沙场，老头子吓得只剩下阿弥陀佛的份，简直眼睛都不想睁开。炸营的那一刻，老翁正愁眉不展，结果一听外面的喧闹打枪，还以为日本政府军打了，当场就魔症了。老头子黑灯瞎火也没胆子出去挨枪子，最后一狠心，匆匆写了两句绝命诗，在大梁上系个绳套要“死节”。
结果载沣的小苏拉找“太傅”一起跑，眼看老翁要上吊，吓得就往下拽，没想到碰翻了桌子，老翁一个没留神真给吊上了，差点一命归西，得亏又来了几个人，七手八脚救了下来，三魂已经去了两个。
活转，老翁突然就看破了世情，表示要“出家”，让皇上多多保重，就别管这个畸零人。
载沣这时候也来了，一看情形，眼看着外面乱了套，也顾不上太多，掉了几滴眼泪，狠了狠心带着人奔西边。
老翁后来是死在乱军之中，还是真出家做了和尚，这事情一直是个悬案，后来有几位“名导”拍过好几部片子，都涉及到了这个题材，更添了几分神秘。
载沣后来是被小苏拉卖给了日本政府的平叛军。
眼看着抓住了满清“皇帝”，有栖川宫威仁亲王如获至宝，当即派人把载沣和一众满清遗民，带着这帮人的家眷送往东京，移交中国方面。许凡也懒得见这些人，直接把这数万口子的旗人交给了警政部的代表，总之一切有十年前的先例，这些人执迷不悟，公审之后处罚翻倍也是理所当然。
至于那些被中国方面明令通缉的要犯，如桂太郎，明石元二郎，内田良平等人，眼见形势不可为，直接切腹自杀，头颅被死党偷埋起来。日本政府军方面久久找不到这些要犯，担心中国方面问责，不得不悬以重赏。赏格一升再升，这些人的画像也贴得到处都是，终于开始有些线索汇集起来。最后，这些烂得不成样子的首级又从衣冠冢里被刨了出来，用石灰硝了一遍之后又如同宝贝一样装进木盒送给中国方面，最后统一被送回中国，准备在战后的凯旋大典之后祭告先帝郑鹰。
东京政府趁热打铁，以“御驾迎回”为旗号，在整个日本掀起了清洗“国贼”的高潮。旧藩阀，财阀，幕府余孽，激进社团，都遭到了沉重的打击。凡是不服从东京政府，或者推行诏谕不得力的，都被安上帽子送进东京关押起来，换上忠于皇室，忠于现任内阁，或者是亲华反战的人士。
之前在真正期间以“思想犯”，“文化犯”等名义看押起来的中江信徒，又被政府礼遇有加地请了出来。因亲华而遭到排挤的军政要员，如荒尾精等人，也被纷纷请出冷宫，并委以重任，负责与中国方面协调，对日本进行改革。
到了十一月下旬，日本这一场空前的大骚乱逐渐平息，从迷茫于狂躁之中逐渐清醒下来的日本人，开始认真地意识到，的生活，从此开始，要有一个彻底的变化了。
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日本新内阁已经稳固，清一色的亲华分子。
新任首相西园寺公望第一次作为内阁首相出现在国会，就穿上了一身“唐服”，也就是之前所谓的“和服”。这位后来被称为“西园寺一族中兴之祖”，“新日本之父”的日本改革实际操刀者，在这个时候，充分发挥了其身兼日本两朝重臣，清华九卿势力代言人，维新元老，亲华反战政治家，自由宪政主义者，英美派外交家，英法友人等多重身份的独特优势，把日本朝野各派力量聚合起来，为了打造“新日本”的共同目标而努力。
西园寺公望的上任，除了自身根基的深厚，以及调和各方的独特能力之外，自然也少不了中国方面实权人物的支持。这其中，首先就是掌握日本实际命运，又和西园寺公望政治理念接近的许凡。
在日本政局最为动荡和混乱的时刻，许凡几次力挺西园寺公望的表态，以及一系列实际举措，立刻就让这位原本就很有威信的日本元老几乎马上掌握住了日本的中枢大权，得到了上至明治天皇和摄政的嘉仁皇太子，下至日本各界人物的支持和信赖。
西园寺公望自然也是投桃报李。自从和许凡一番深谈之后，此人已经干脆利落地表示是“许帅门徒”，公然提出“日本之前的脱亚入欧是误的，现在是正本清源，回归中华文明正统的时候了”，并且宣布“日本之未来在于接受中国的领导，而日本复兴要从深刻反省的误开始”。
伊藤博文留下的“政友会”，自然也落入了原本就是伊藤博文之下党内二号人物的西园寺公望手中。有此利器在手，西园寺公望长袖善舞，与河野广中、犬养毅等人组成的立宪自由党组成联盟，结成了新的执政党联盟。
新任陆相则由日本皇族闲院宫载仁亲王亲领，而日本陆军参谋本部长则交给了一向以亲华反战著称的原参谋本部六部部长荒尾精。
海军方面，海相山本权兵卫去职，由临时出任海军军令部长的有栖川宫威仁亲王取代，而原联合舰队司令官东乡平八郎已经乘坐幸存的防护巡洋舰高砂号回到了日本，就任海军军令部长。
西园寺公望留下的文部大臣一职干脆直接交给了幸德秋水。这位年方三十四岁的中江兆民信徒，中江派新生代领袖，就此成为日本历史上最年轻的内阁大臣。新官上任三把火，这位幸德大臣一上来就宣布要“全面清算福泽谕吉，德富苏峰等人的邪说”，“彻底恢复日本文化应有的本来面目，以坦诚而非矫饰的姿态面对历史上中日之间母体和子女的关系，真正认清日本的历史和现实，并且为了新日本加油”。
对此，首相西园寺公望大为赞赏，并且把当年和伊藤博文私下讨论的话公开讲了出来，提出“必须使国民性情活泼开朗、正大有为，不要使之陷于慷慨悲壮、偏颇奇癖。现在社会上往往以衰世逆境中人为楷模，让年青人效仿，这种作法会留下弊害，与国家今天的繁荣昌盛不相配……致力发展教育是世界大势所趋，应加强思考文明盛衰道理的教育”。
被称为“幸德革新”的日本文化界**就此展开，日本舆论界，思想界，文化界，教育界都开始了大清洗，之前被奉为圭臬的“大日本勃兴，君临亚洲”，“脱亚入欧，进军大陆”，“开万里波涛，扬皇威于四方”之类的狂言纷纷被打翻在地，取而代之的是“日本是一个小国和岛国，始终依附于大陆的中华”，“日本每一次的兴盛，都在于和中华的靠拢，而每一次背弃中华，结果都是悲剧”。
日本学术界诸多的汉学家被激发起了狂热的“汉学本位主义”，纷纷释放出了压抑已久的能量。一部部弘扬日本传统文化（当然就是汉学），挖掘中日亲善的源远流长，论述日本人与中国人血缘上的亲近，讲述中国历代对于日本的扶持和恩情，阐述日本归附文化上的源头对于日本民族的伟大意义，探讨中国传统的华夷秩序如何优越于弱肉强食虚伪残忍的西方式殖民秩序的学术著作开始出版，一个个以“新日本文艺革新”为宗旨的报刊杂志如同雨后春笋般地出现。
在日本的上流社会，汉学原本就是区分文明人和暴发户，下等人的主要工具，现在更上了一层台阶，不会两句汉语，几首唐诗，您还真不好意思说是文化人。
外相小村寿太郎去职，并接受特别军事法庭审判，最终被判有罪，处十年监禁。一贯亲华反战，又是五摄家之首的公爵近卫笃磨就任外相，很快就被在日的西方外交官称为“中国外交部日本分部长”，因为其对一切问题的答复几乎都是“我需要考虑一下”，随后出来的口径绝对和中国方面一模一样。
就这样，在日本新内阁的一致努力之下，一股狂热的亲华浪潮席卷日本列岛。
“中日亲善，建设新日本”，“中日提携，大东亚共存共荣”，“中日同文同种，友好互助”，“致力建设中华帝国主导，中日友好之东亚新秩序”的标语铺天盖地，中国的赤底金龙国旗在街头巷尾随处可见。表情严肃，全副武装的中国军人进驻了各个主要城市和交通要津，各个列车之上，都有精通日语的朝鲜“特管”队员押车，这些人直接听命于驻日占领军司令部，接管了主要的治安维护职能，不时发动对“国贼”的“讨伐”。
日本的警察被清洗，并且接受中国驻军司令部派遣的“督导员”指挥，进行巡逻和执勤。
日本各县，各市政府，都进行了改组，一色的忠君，亲华，反战人士，东京派出来的特派员，由日本近卫军军人护送，四处巡察，纠察风纪。现在敢骂一句“支那”便是国贼，毒打之后送到东京监狱，还要没收财产。
十一月十日，中日两国政府签订《中日和平友好协定》，鉴于日本一再侵犯中国，必须给与惩戒以儆效尤，日本政府将配合中国占领当局提供有关两次侵华战争的一切秘密档案，供中国方面调查战争罪行，并配合一切相关的逮捕，审讯事宜。
作为对中国的合理赔偿，日本将以十年为限，根据中国方面开具的战费清单，对中国支付总计二十亿美元的赔款，其每年的具体赔偿额逐步递增，最终达到总额，但具体的实际赔偿额，将根据美国的通货膨胀情况进行调整。
除此以外，除了海外的一些岛屿，包括但不限于对马岛，千岛群岛，小笠原群岛，火山群岛，南岛外，中国不割占日本四岛的任何土地。
这个赔款金额的确定还着实费了一番功夫。
最早，日本方面提出五千万美元的赔款约定，结果中国外交部的一位年轻干员颜惠庆轻飘飘地甩一句“日本的四千万人，一个人才值两块日元”，当场把日本代表气得暴走。
因为“使日本国民受辱”，日本谈判代表团中的几位年轻人当场就要切腹谢罪。日本谈判代表内田康哉赶忙解劝。代表天皇列席的伏见宫贞爱亲王也有些挂不住面子，当即提出暂休，随后和日本代表团成员密谈。
再恢复谈判之后，日本方面一改之前的低姿态，上来就是异常恳切地谢罪，并“请无论如何接受不少于十年五十亿美元的赔款，以显示日本的诚意”。
这个数字连中国方面也吓了一跳，讨论了一下之后却是直接拒绝。
最终方案还是中国原来提的二十亿美元，不过期限延长到二十年：
构成：
中国领土上损害的财产和人员赔偿，总计十亿美元。
中国支付的战费，总计九亿七千万美元。
中国出兵日本，平叛，维持占领行动已经支付的费用，总计三千万美元。
一共二十亿美元。
这个时候，日本人反倒来了精神，一再恳切地表示“五十亿，拜托了，日本值这个价”。
中国方面自然不是发善心。
大家心里明白，日本人高姿态的背后除了表忠和卖乖，也是摆明了还不起。到时候中国也没办法。与其定一个天文数字，让日本耍赖，还不如定一个比较靠谱的赔偿金额。
用郑宇的话来说日本都是我们的，赔多赔少有所谓？搞太狠了，对大局未必有利。”
就这样，最终定下了二十亿美元二十年付清的方案。
十一月十二日，中日两国政府签订《中日友好商务合同》，日本政府以九州岛，四国岛的一切官营资产和土地，以及国内各项税收为抵押，从中国借款两亿华元，用于采购中国的工农业物资，满足日本国内消费需求，以及工商业的原材料。
凭借中国农产品的涌入，日本政府勉强满足了“配给制”的供应，国家的局势也开始稳定下来。因海路断绝，原材料匮乏陷入停产的工商企业，又获得了充足的血液，不过很多厂家生产的方向已经转向民品。原本的统治经济，已经由东京政府转向民用品导向，统筹规划。
此外，中日两国又签订了《中日双边关税互换协定》，也就是两国政府分别把自对方国家进口商品征收的关税，以官方形式进行互换，再以出口退税补偿给出口企业，也就是事实上实现了零关税，自由贸易。
这样一来，日本愈演愈烈的工商萧条和失业情况也顿时出现了转机。
十一月十五日，由于德国“斡旋有功”，日本政府与德国政府签订协议，以德国提供十年期总计五亿金马克的低息贷款，并一次性提供两亿金马克的租借费为条件，日本政府将佐世保军港租借与德意志帝国，租期九十九年。当然，这些金马克统统都作为战争赔偿被中国占领当局毫不客气地收走，不过也给日本方面增加了两千万华元的低息贷款用于购买中国机器和商品。
德皇当即开始组建“远东舰队”，英国政府对此表示关注，并向日本政府提出“利益均沾”，日本政府的答复很简单—“请咨询中华帝国政府”。英国方面马不停蹄地找上中国方面，提出“德国人能得到的，作为盟友的大英帝国也应该得到”，中国的答复也很明白：请询问日本方面，只要他们愿意，我们也不反对。英国人就这样在两边跑了几个来回，依然不得要领。日本新任外相近卫笃磨被英国人逼急了，干脆提出“再逼迫的话在下只有切腹”，英国人最后也没了办法。
十一月二十日，中日两国政府正式签订了《中日友好合作条约》，宣布中国将无限期承担起对日本政府的“督导”责任，直到中华帝国政府和日本政府均认为日方已经无须接受督导为止。
在督导期间，中华帝国政府将对日本中央及各县，各市派出各方面的“督导员”，监督指导日本政府的改革与日常运作。中华帝国对日享有驻军权，探矿权，于日方合作开采权，自由开办工厂和购买土地的权力，中国企业，商户，国民，在日本享有等同于日本国民的一切经济权利，并且可自由往来，居住，通商，办学。
中华帝国将指导日本政府在政治体制，军事体制，经济体制，文化体制，社会组织体制方面进行全面改革，以提升日本国民福祉，促进东亚友好和共同发展为目标，建设新日本。
条约的签订，让日本各界，从精英到底层民众都是大大地松了一口气。之前的空前乱象，让这些人都产生了难以遏制的恐惧。既然战败已成事实，中国人也已经控制了日本，能保住国体就好，至于改革……早就听说中国人过得不坏，这么多年大量的国家资源用在军备之上，到头来还是惨败罢了，既然如此，干脆转向民生建设，对国民不也是好事？
在皇室和公卿的授意之下，以伊藤博文此前的老班底“政友会”为首，国会开始了“修宪”的筹备，准备按照中华帝国督导提供的“大纲”，彻底修订日本宪法，以契合中日友好提携的“新局面”。
按照新宪法，日本帝国将改名为“日本国”，采取君主立宪体制，天皇万世一系统御国家，而民意也将得到充分尊重，达到天皇受民意于天的状态。
在日本宪法中，把中日友好，接受中国之督导，中日经济提携，外交一致，致力建设东亚新秩序的原则明确纳入。此外，宪法中还规定，为了确保日本文化传承，正本清源，日本教育必须以汉学为必须和首要之学科。
不得不说，日本是个很奇妙的民族。
器小易盈，一旦得志，简直就在自我膨胀之下变成毫无底线的野兽；可一旦被彻底打败，又会对击败的强者顶礼膜拜，驯服得如同羔羊。
两次击败日本，现在更歼灭日本海陆军，俘虏天皇，登陆日本的中国军队，在日本，已经成为了神の样。
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